Thủ tướng cho rằng SCIC được thành lập để thực hiện chủ trương đổi mới cơ chế, tách bạch chức năng quản lý nhà nước với chức năng hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp; thúc đẩy quá trình sắp xếp, chuyển đổi, cổ phần hóa doanh nghiệp nhà nước. SCIC cũng có nhiệm vụ tập trung nguồn lực của Nhà nước để thực hiện những mục tiêu lớn.
Ghi nhận khó khăn của SCIC là đơn vị thành lập theo mô hình mới trong khi phải thực hiện cơ chế như doanh nghiệp nhà nước khác, song theo Thủ tướng lương thưởng của SCIC vẫn phải theo cơ chế hiện hành trước khi có sự cập nhật, bổ sung quy định điều chỉnh mô hình, tổ chức hoạt động. Thủ tướng yêu cầu Bộ Tài chính, SCIC nghiêm túc rút kinh nghiệm và khẩn trương trình Chính phủ Nghị định về tổ chức và hoạt động của SCIC.
Liên quan tới kết luận của Kiểm toán Nhà nước, Thủ tướng yêu cầu Bộ Tài chính chủ trì, rà soát đánh giá kết quả hoạt động, thực hiện cơ chế quản lý tài chính, chế độ kế toán, quản lý lao động, tiền lương và thu nhập của SCIC. Bộ Tài chính phải chỉ đạo SCIC, Công ty cổ phần Hàng không Jetstar Pacific Airlines báo cáo đầy đủ căn cứ và điều kiện chi trả tiền lương, thu nhập đối với cán bộ, nhân viên; phụ cấp kiêm nhiệm đối với các thành viên kiêm nhiệm...
Bộ Lao động - Thương binh và Xã hội cũng được giao chủ trì, phối hợp với Bộ Nội vụ, Bộ Tài chính phân tích làm rõ tính hợp pháp và hợp lý của việc tính toán, xác định đơn giá tiền lương kế hoạch và thực hiện năm 2008 của SCIC; của các khoản thu nhập thực tế của các thành viên Hội đồng quản trị và Tổng giám đốc; đề xuất các biện pháp xử lý đối với kết luận của Kiểm toán Nhà nước về quản lý tiền lương và thu nhập đối với lãnh đạo SCIC. Bộ Lao động - Thương binh và Xã cũng sẽ phối hợp với các bên nghiên cứu, rà soát chế độ tiền lương và thu nhập của các doanh nghiệp nhà nước, sớm trình Chính phủ nghị định về quản lý tiền lương và thu nhập tại các công ty nhà nước theo hướng khuyến khích các công ty hoạt động có hiệu quả, chất lượng và năng suất lao động cao.
Theo kết quả kiểm toán của Kiểm toán Nhà nước công bố đầu tháng 12/2009, hoạt động của SCIC tồn tại nhiều hạn chế, trong đó quỹ tiền lương của lãnh đạo vượt gần 1,17 tỷ đồng so với mức được duyệt. Thu nhập bình quân của lãnh đạo SCIC được duyệt là 40 triệu đồng thế nhưng thực tế thu nhập năm 2008 là 78,5 triệu đồng một tháng. Ngoài ra, kiểm toán yêu cầu làm rõ trách nhiệm cá nhân và tập thể lãnh đạo hãng hàng không giá rẻ Jetstar Pacific Airlines (đơn vị mà SCIC đang quản lý phần vốn nhà nước) trong thực hiện nghiệp vụ phòng ngừa rủi ro xăng dầu. Trong khi làm ăn thua lỗ, nhưng Jetstar Pacifice vẫn trả lương, thưởng cao cho lãnh đạo.
Hai tuần sau khi Kiểm toán Nhà nước công bố kết luận, Bộ Tài chính và SCIC đã có văn bản giải trình gửi các cơ quan liên quan. Đến 7/1/2010, nguyên tổng giám đốc Jetstar Pacific Airlines đã bị bắt giữ để điều tra về hành vi "thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng".
Kỳ Duyên